Pada mulanya pemerintahan Khalifah Utsman berjalan lancar. Hanya saja seorang Gubernur Kufah, yang bernama Mughirah bin Syu’bah dipecat oleh Khalifah Utsman dan diganti oleh Sa’ad bin Abi Waqqas, atas dasar wasiat khalifah Umar bin Khatab.
Kemudian beliau memecat pula sebagian pejabat tinggi dan pembesar yang kurang baik, untuk mempermudah pengaturan, lowongan kursi para pejabat dan pembesar itu diisi dan diganti dengan famili-famili beliau yang kredibel (mempunyai kemampuan) dalam bidang tersebut.
Tindakan beliau yang terkesan nepotisme ini, mengundang protes dari orang-orang yang dipecat, maka datanglah gerombolan yang dipimpim oleh Abdulah bin Saba’ yang menuntut agar pejabat-pejabat dan para pembesar yang diangkat oleh Khalifah Utsman ini dipecat pula. Usulan-usulan Abdullah bin Saba’ ini ditolak oleh khalifah Utsman. Pada masa kekhalifan Utsman bin Affan-lah aliran Syiah lahir dan Abdullah Bin Saba’ disebut sebagai pencetus aliran Syi’ah tersebut.
Karena merasa sakit hati, Abdullah bin Saba’ kemudian membuat propoganda yang hebat dalam bentuk semboyan anti Bani Umayah, termasuk Utsman bin Affan. Seterusnya penduduk setempat banyak yang termakan hasutan Abdullah bin Saba’. Sebagai akibatnya, datanglah sejumlah besar (ribuan) penduduk daerah ke madinah yang menuntut kepada Khalifah, tuntutan dari banyak daerah ini tidak dikabulkan oleh khalifah, kecuali tuntutan dari Mesir, yaitu agar Utsman memecat Gubernur Mesir, Abdullah bin Abi Sarah, dan menggantinya dengan Muhammad bin Abi Bakar.
Karena tuntutan orang mesir itu telah dikabulkan oleh khalifah, maka mereka kembali ke mesir, tetapi sebelum mereka kembali ke mesir, mereka bertemu dengan seseorang yang ternyata diketahui membawa surat yang mengatasnamakan Utsman bin Affan. Isinya adalah perintah agar Gubernur Mesir yang lama yaitu Abdulah bin Abi sarah membunuh Gubernur Muhammad Abi Bakar (Gubernur baru) Karena itu, mereka kembali lagi ke madinah untuk meminta tekad akan membunuh Khalifah karena merasa dipermainkan.
Setelah surat diperiksa, terungkap bahwa yang membuat surat itu adalah Marwan bin Hakam. Tetapi mereka melakukan pengepungan terhadap khalifah dan menuntut dua hal :
- Supaya Marwan bin Hakam di qishas (hukuman bunuh karena membunuh orang).
- Supaya Khalifah Utsman meletakan jabatan sebagai Khalifah.
- Kedua tuntutan yang pertama, karena Marwan baru berencana membunuh dan belum benar-benar membunuh. Sedangkan tuntutan kedua, beliau berpegang pada pesan Rasullulah SAW; “Bahwasanya engkau Utsman akan mengenakan baju kebesaran. Apabila engkau telah mengenakan baju itu, janganlah engkau lepaskan”
Setelah mengetahui bahwa khalifah Utsman tidak mau mengabulkan tuntutan mereka, maka mereka lanjutkan pengepungan atas beliau sampai empat puluh hari. Situasi dari hari kehari semakin memburuk. Rumah beliau dijaga ketat oleh sahabat-sahabat beliau, Ali bin Thalib, Zubair bin Awwam, Muhammad bin Thalhah, Hasan dan Husein bin Ali bin Abu Thalib. Karena kelembutan dan kasih sayangnya, beliau menanggapi pengepung-pengepung itu dengan sabar dan tutur kata yang santun.
Hingga suatu hari, tanpa diketahui oleh pengawal-pengawal rumah beliau, masuklah kepala gerombolan yaitu Muhammad bin Abu Bakar (Gubernur Mesir yang Baru) dan membunuh Utsman bin Affan yang sedang membaca Al-Qur’an. Dalam riwayat lain, disebutkan yang membunuh adalah Aswadan bin Hamrab dari Tujib, Mesir. Riwayat lain menyebutkan pembunuhnya adalah Al Ghafiki dan Sudan bin Hamran.
Beliau wafat pada bulan haji tahun 35 H. dalam usia 82 tahun setelah menjabat sebagai Khalifah selama 12 tahun. Beliau dimakamkan di kuburan Baqi di Madinah. Wallahu A’lam.
